ISI Yogyakarta telah membentuk Gugus Tugas Penanganan Corona Virus Disease Covid-19 sesuai dengan Surat Keputusan Rektor Nomor 193/IT4/HK/2020 tanggal 8 April 2020. Dengan adanya gugus tugas ini diharapkan penerapan dan penanganan protokol kesehatan dapat dilakukan dengan cepat, efektif, dan efisien untuk mengatasi penyebaran Covid-19 di lingkungan ISI Yogyakarta.
Penerapan protokol kesehatan dalam rangka mencegah penyebaran Covid-19 di ISI Yogyakarta meliputi:
- Pengecekan suhu di setiap pintu masuk
- Wajib menggunakan masker
- Penyediaan sarana tempat cuci tangan dan hand sanitizer di tiap-tiap gedung
- Pembatasan jumlah peserta rapat dalam satu ruang serta jaga jarak minimal 1 meter antar peserta
ID 
EN